1、综合人事部

负责研究院院内事务，安全管理、后勤管理等日常综合管理工作和院人力资源发展规划制定、人事管理、薪酬体系、组织员工培训等工作。

2、科技发展部

负责科技发展战略规划，重大科研任务组织，重要科研项目管理，合同及采购管理，质量管理，产业化发展战略与规划。

3、财务资产部

全面负责院财务各项工作；组织协调、配合各项审计、检查；对研究院的经济活动进行分析和预测，保障和促进科研、开发任务的完成；组织重大项目预算；研究院的资产管理工作。

4、平台建设与支撑部

负责研究院园区的基建建设与改造；建设项目招投标；建设与改造项目竣工审计；与地方政府及工程热物理研究所相关部门，对接基建工作；组织各研究所实验平台运行与改造工作；研究院档案的管理工作。